64 classificados vão disputar a sobrevivência na segunda fase da Copa São Paulo de Futebol Júnior 2024. O cruzamento da segunda fase é pré-definido. Por exemplo, o primeiro colocado do Grupo 1 enfrenta o segundo colocado do Grupo 2, enquanto o primeiro colocado do Grupo 2 duela com o segundo colocado do Grupo 1 e assim sucessivamente. Normalmente, as equipes classificadas com a liderança de suas chaves na fase inicial possuem a preferência de atuarem na sede em que estavam jogando, mas isso depende da Federação Paulista de Futebol (FPF), responsável por organizar o campeonato. O intervalo entre as partidas vai diminuir com o início do mata-mata. Na primeira fase, as equipes entram em campo de três em três dias. A partir da segunda fase, que marca o início dos duelos eliminatórios, as partidas acontecem a cada dois dias. Segunda fase: 12 e 13 de janeiro; Terceira fase: 14 e 15 de janeiro; Oitavas de final: 16 e 17 de janeiro; Quartas de final: 18 e 19 de janeiro; Semifinal: 21 e 22 de janeiro; Final: 25 de janeiro. 12 de janeiro, sexta-feira 11h - Tanabi x Athletico-PR 14h15 - Desportivo Brasil x América-MG 15h - Chapecoense x Tiradentes-PI 15h - Fortaleza x Internacional 15h - Capital-DF x Capivariano 16h - Coimbra x Figueirense 16h30 - Fluminense x Ituano 17h15 - Corinthians x Guarani 19h - Ferroviária x Gama 19h - Criciúma x Grêmio São-Carlense 19h15 - Grêmio x Mirassol 19h30 - Botafogo x Novorizontino 19h45 - Atlético-GO x Marília 20h30 - XV de Jaú x CRB 21h30 - Catanduva x Ponte Preta 21h30 - Ceará x São Paulo 13 de janeiro, sábado 11h - Cuiabá x Atlético Guaratinguetá 11h - Ibrachina x Macapá 11h - Coritiba x Retrô 11h - Avaí x Juventus 14h - Portuguesa x Nova Mutum 15h - Botafogo-SP x Floresta 15h - XV de Piracicaba x São José-RS 15h - Red Bull Bragantino x Taubaté 15h - Aster Itaqua x Oeste 15h - Vasco x Vitória 17h - Juventude x Água Santa 17h15 - Palmeiras x Sport 19h15 - Atlético-MG x Sfera 19h30 - Santos x EC São Bernardo 21h30 - Flamengo x Náutico 21h30 - Cruzeiro x Madureira